En Primera División, durante los años siguientes, estuvo con frecuencia entre los puestos bajos de la tabla, brasil camiseta sin poder clasificar a la Copa Libertadores ni a la Copa Sudamericana. Previo a comenzar el Torneo Apertura 2004 falleció José Pastoriza, entrenador del equipo en aquel momento, y hombre que dirigió al equipo a ganar la Libertadores y la Intercontinental de 1984 también como técnico, y campeón también de la Libertadores 1972 como jugador, micamiseta entre otros títulos.