En la apertura del Bayern en la Bundesliga 2013-14, Müller falló un penalti por primera vez. El 5 de agosto, camiseta uruguay mundial 2022 Müller marcó un triplete con el cual el Bayern ganó 5-0 en la primera ronda de la DFB-Pokal contra el BSV Schwarz-Weiß Rehden. Müller comenzó la temporada 2013-14 anotando en siete de los 12 partidos de la pretemporada del Bayern.