Para el Torneo Clausura 2005 Colo-Colo otra vez no pasó de cuartos de final, siendo eliminado por Deportes La Serena en penales por 4-1, camiseta de polonia mundial 2022 pero aun así el conjunto albo se clasificó al repechaje de a Copa Libertadores 2006. Fernández totalizó 7 goles en 18 partidos jugados. En el Torneo Apertura 2005 Colo-Colo no estuvo a la altura de lo realizado en el Clausura 2004, ni tampoco Matías, que anotó solo dos goles en trece partidos jugados, uno frente a Deportes La Serena, en la goleada del campeonato, 7-3 en favor del conjunto albo, y otro frente a la Unión Española.